約於1998年，當時位於石籬邨的聖公會主愛小學鍾鏡南總校長接獲教育署通知，可獲分配一間位於梨木樹邨的重修校舍（原為中華基督教會基理小學），而不是一間全新建造的校舍。教育署提供多一間校舍給主愛小學的目的是為協助主愛小學的上、下午班可以分拆為兩間全日制小學。經過商議及聆聽學生和家長的心聲後，聖公會小學監理委員會（簡稱小監會）與主愛小學校董會本著為香港學童提供全人教育的宗旨，欣然接收這間小小的翻新校舍。保留了石籬邨「聖公會主愛小學」為一所上、下午校的學校，同時，接收梨木樹的翻新校舍，建立一所全新的主愛小學，即是聖公會主愛小學（梨木樹）。
最終，聖公會主愛小學（梨木樹）於短期內重新招收學生，並聘請全新的教職員團隊，結果於1999年正式創校並開辦9班。學校一直秉承聖公會「非以役人 乃役於人」的辦學精神來服侍在荃灣及葵青區，特別是梨木樹邨的坊眾，用心教養孩子。隨著入讀學生人數持續增加，學校更於2000年擴班至18班，本年度開辦17班，繼續實踐基督教全人教育的理想